Тест на опухолевый ген может помочь предсказать прогноз рака яичников
В исследовательской работе под руководством UNSW Medicine участвовали 125 авторов из 86 организаций, включая Университет Южной Калифорнии (USC), Кембриджский университет, Университет Британской Колумбии, Институт рака Хантсмана, Клинику Майо и Онкологический центр Питера МакКаллума в Мельбурне. опубликовано в «Анналах онкологии».
В 2020 году прогнозируется, что у 1532 австралийских женщин будет диагностирован рак яичников, а 1068 умрут от этого заболевания в этом году. У него плохая выживаемость, и тип, изучаемый в этой статье, – серозный рак яичников высокой степени – является наиболее распространенным и худшим типом выживаемости. Рак яичников занимает восьмое место по частоте встречаемости у женщин: в 2018 году во всем мире было зарегистрировано около 300000 новых случаев.
«Мы провели анализ 3769 образцов опухолей у женщин с раком яичников и обнаружили, что можем надежно использовать кусочек опухоли, чтобы определить, насколько хорошими будут шансы женщины на выживание через пять лет после постановки диагноза», – говорит ведущий автор, профессор Сьюзан Рамус из UNSW. Медицина.
Исследователи обнаружили, что их тест на экспрессию генов значительно лучше предсказывал выживаемость, чем использование возраста пациента и стадии рака.
«Когда женщин разделили на пять групп, мы обнаружили, что женщины, экспрессия опухолевых генов которых была связана с лучшим прогнозом, имели выживаемость девять лет, в то время как женщины из самой бедной группы выживаемости имели двухлетнюю выживаемость, что является очень большой разницей», Профессор Рамус говорит.
«Наше видение состоит в том, чтобы врачи могли использовать наш тест при постановке диагноза, чтобы определить группу пациентов, которые не справятся с текущим лечением, и потенциально предложить им альтернативы – например, мы можем отправить этих пациентов на клинические испытания и предложить им различные методы лечения, которые могут улучшить их выживаемость.»
Для исследования команда использовала обучающий набор образцов и тестовый набор – всего около 4000 образцов.
«Используя новые статистические подходы, мы проанализировали данные шести предыдущих исследований экспрессии генов, которые помогли нам идентифицировать гены, которые могут быть вовлечены в выживаемость при серозном раке яичников высокой степени», – говорит первый автор статьи, доктор Джошуа Миллстайн из USC.
Составив панель из примерно 500 генов-кандидатов, команда измерила экспрессию генов в 4000 образцах с помощью платформы NanoString.
«Чтобы предсказать выживаемость по экспрессии генов, мы выбрали один из четырех методов машинного обучения, подход под названием« эластичная сеть », который показал наилучшие результаты в обучающих данных», – говорит доктор Миллстайн.
«Мы использовали обучающую выборку, чтобы определить, какие гены можно использовать в предсказании, а затем мы протестировали их, чтобы увидеть, получили ли мы те же результаты в другом наборе», – говорит профессор Рамус.
Профессор Рамус является соучредителем консорциума Ovarian Tumor Tissue Analysis (OTTA), международной группы исследователей, которые работают над рядом различных крупномасштабных проектов, используя образцы, собранные консорциумом, для решения важных клинических вопросов.
«Консорциум уникален в этой области, потому что у него есть доступ к тысячам образцов – а это очень много образцов для редкого заболевания, такого как рак яичников», – говорит она.
«Это то, что позволило нам разработать этот прогностический инструмент – другие группы ранее пытались взглянуть на прогноз, но клинически ничего не использовалось. На данный момент для определения выживаемости используются только возраст и стадия пациента, поэтому нам крайне необходимо что-то вроде нашего инструмента.»
Исследователи говорят, что они выбрали гены для анализа, которые имели известные мишени для лекарств.
«Некоторые из генов, которые мы определили как предикторы хорошей или плохой выживаемости, могут быть потенциальными мишенями для новых методов лечения.
В настоящее время большинство пациентов с раком яичников получают такое же лечение – это не похоже на рак груди или другие виды рака, когда они смотрят на вашу опухоль и выбирают из целого ряда методов лечения. Таким образом, это способ расслоить пациентов и потенциально предоставить более индивидуальное лечение в будущем.»
Для дальнейшей проверки результатов исследовательская группа хочет включить тест в проспективное исследование и клинические испытания.
«Потенциально мы могли бы включить его в клинические испытания, чтобы женщины, у которых прогнозируется плохая выживаемость, могли как можно быстрее получить альтернативные методы лечения», – сказал профессор. Рамус говорит.
Исследователи надеются, что их тест будет готов к клиническому использованию в ближайшем будущем.
